北京协和医学院由美国洛克菲勒基金会于1917年创办，它最早开启了我国八年制临床医学教育和高等护理学教育的先河，在我国医学教育领域具有特殊的地位和独特的社会影响力。协和医学院作为卫生部唯一直属高校，与中国医学科学院（简称医科院）实行院校合一的管理体制。
协和医学院“高进、优教、严出”的精英培养模式，不仅造就了张孝骞、林巧稚、黄家驷、吴阶平、聂毓婵等中国医学界的泰斗，还为我国医学事业培养了一大批享誉国内外的著名临床医学家、医学科学家、医学教育家、护理学家和医政管理家，在国内外享有很高的声誉。
根据教育部、卫生部签署的清华大学与我校紧密合作办学协议，以及两校关于落实两部协议的实施意见，协和医学院进入了“211”和“985”工程建设项目。目前学校设有基础学院、临床学院、护理学院、公共卫生学院、研究生院、继续教育学院等6个学院，已建成由博士后、博士、硕士、本科生、专科生教育以及成人教育组成的多层次医学教育体系。学校现有全日制学生3986人，其中研究生2838人，本科生909人，专科生239人。