大学
商丘高校数量居河南省第四位，高校在校生7.7万人，居全省第四位。民办高校及高职院校均走在全国前列，2010年国务院批准商丘为河南唯一一家全国地方政府促进高等职业教育发展综合改革试点市。
高校层次
名称
本科
商丘师范学院
商丘学院
商丘工学院
河南大学护理学院商丘分院
商丘医学院（筹）
专科
商丘职业技术学院
商丘医学高等专科学校
商丘幼儿师范高等专科学校（筹）
科研
截至2011年底，商丘市拥有或筹建国家级研发中心6家（国家面粉及制品质量监督检验中心、国家钢卷尺质检中心、国家制冷产品质量监督检验中心、国家碳纤维新材料研发中心、国家超硬材料研发中心、国家环保专用设备研发中心），国家级企业研发中心7家，省级企业研发中心20家，市级工程技术研究中心15家。“十一五”期间，商丘市实施国家、省、市级各类科技计划项目729项，其中省级以上项目近200项。开展各类企业技术创新示范，先后创建国家级创新型企业1家、省级创新型企业2家、省级创新型试点企业1家、省级制造业信息化科技工程示范企业4家、省级节能减排科技创新示范企业6家。